Неменшим випробуванням для мешканців Яготинщини були й часи другої світової війни.
З самого початку бойових дій, доросле чоловіче населення пішло на фронт. Старі, жінки, підлітки збирали й відправляли в глиб країни врожай, евакуювали заводське обладнання, майно MTС колгоспів. У приміщенні Яготинської середньої школи № 1 1941 був розташований військовий госпіталь.
Увійшовши 15 вересня 1941 року в Яготин, нова німецька влада встановила свій режим. Почалися утиски комуністів та їх посібників. Також почали вивозити та розстрілювати єврейське населення. У міському парку вони розстріляли голову райвиконкому Г. І. Кузьменка, суддю І. Я. Хруща та багато мирного передовсім єврейського населення , як міста, так і околиць. Багато очевидців розповідають, що після того розстрілу ходили дивитися на те страшне місце у парку. Кажуть, що ще днів три могила "ходуном ходила”, бо в неї перед розстрілом і після початку розстрілу з переляку попадало багато живих людей. На початку окупації німці зруйнували корпуси цукрозаводу, електростанції, млина, МТС, молокозаводу, елеватора, а також приміщення райради та багато житлових будинків. Поліцаї жорстоко придушували найменший опір населення, але повністю придушити опір населення їм все ж не вдалося. Підкована комуністичною ідеологією Г. О. Царик-Беркович провадила антифашистську агітацію серед населення.
М. А. Яворська переховувала й лікувала радянських бійців, М. М. Бойко виготовляв одяг для партизанів, Г. Г. Бакуменко (Сіренко) була зв'язківцем загону ім. Щорса. Чимало яготинців громили ворога у партизанських загонах. До партизанського загону ім..Чапаєва, який діяв на Переяславщині, входили М. А. Грім і Г. С. Спижовий, 14 яготинців були в партизанському з'єднанні «За Батьківщину» на Чернігівщині, серед них командир роти А. С. Коба, нагороджений орденом Червоного Прапора, командир відділення В. Ф. Куценко, партизани І. М. Ус, І. І. Радченко та інші. Партизани часто робили напади на поліцейські та військові німецькі точки. У серпні 1943 року група партизанів загону ім. Щорса здійснила сміливий напад на Яготин, знищила поліцейські пости, перерізала лінію зв'язку, пошкодила міст на річці Супій. Захопивши в окупантів медикаменти й продовольство, партизани повернулися на свою базу. Разом з ними пішла група робітників цукрового заводу. За такі та інші вилазки партизан німці відігрувались на місцевому населенні.
Під час війни сотні яготинців билися з ворогом на фронтах, з них 1375 чоловік удостоєні бойових нагород. Уродженець Яготина льотчик А. І. Гирич здійснив 479 бойових вильотів, особисто збив 15 літаків ворога, виявив високу мужність і геройство, за що йому присвоєно звання Героя Радянського Союзу. Генерал-майор А. І. Гирич продовжив службу в Радянській Армії й після закінчення війни.
Під час німецької влади життя яготинців не стояло на місці: можна було займатися культурними проектами, дозволялось ходити на богослужіння, які при «совєтах» були заборонені, багато поліцаїв(серед яких були й італійці, австрійці, румуни) після пристосування до умов в нашій місцевості вже не так сильно, як на початку окупації тероризувало місцеве населення.
Вранці 21 вересня 1943 року війська 40-ї армії Воронезького фронту увійшли в Яготині, встановили радянську владу. Були відновлені партійні й радянські організації, які мобілізували населення на допомогу фронту, ліквідацію наслідків окупації і відбудову зруйнованого господарства. Розгорнувся рух на допомогу Червоній Армії. В лютому 1945 року лише трудівники колгоспу ім. XVII партз'їзду зібрали на будівництво бойових літаків 14 052 крб., учні шкіл — 3000 крб., а кожен учитель відрахував 20% із своєї зарплати. Робітники Яготина брали активну участь і в збиранні коштів на будівництво танкової колони «Визволена Полтавщина». Місцеві мешканці М. Н. Іванов та І. А. Малинка віддали у фонд будівництва всі свої трудові заощадження, за що одержали подяку Верховного Головнкомандуючого.
Робітники й селяни допомагали армії продовольством, дбали про сім'ї фронтовиків. Лише працівники Яготинського бурякорадгоспу здали у фонд допомоги Червоній армії понад 35 тис. пудів хліба. Робітники цукрового заводу відрахували на користь сімей фронтовиків свій одноденний заробіток. В ході відбудовних робіт широко розгорнулося соціалістичне змагання. Робітники показували зразки високопродуктивної праці. Так, електрик Т. Шевченко виконував виробниче завдання на 218 %, токар М. Ролик — на 204%, слюсар І. Самокиша — на 200%. Бригада будівельників В. Сергієнка в стислі строки виготовила крокви для головного корпусу заводу, а бригада монтажників І. Рея склала головну машину за 20 днів, замість 3 місяців за планом. Восени 1944 року піднятий з руїн цукровий завод ім. Ілліча почав давати продукцію. Не шкодуючи сил, працювали яготинці і на відбудові МТС, електростанції, держмлина, молокозаводу та інших підприємств.
Чимало труднощів довелося перебороти, відроджуючи сільське господарство. У 1943— 1944 pp. на території Яготина було відновлено 9 колгоспів і радгосп - їх обслуговувала Яготинська МТС. Але через нестачу тяглової сили, фуражу, добрив господарства ще відчували великі труднощі. Буряки викопували лопатами, вивозили на возах, запряжених коровами. У 1945 році врожай зернових не перевищував 7 цнт з га, а надої молока — 940 кг на корову. У 1950 році на базі колгоспів південної частини Яготина було створено об'єднаний колгосп ім. Ілліча, який 1960 року злився з радгоспом цукрокомбінату ім. Ілліча. Чотири інші колгоспи і рибгосп утворили в 1950 році господарство ім. Сталіна. З 1949 року в Яготині працює інкубаторна станція. Самовіддана праця колгоспників, об'єднання колгоспів, а також допомога з боку держави позитивно вплинули на розвиток сільськогосподарського виробництва. В 1957 році на базі колгоспу ім. Сталіна засновано радгосп «Яготинський», з 1964 року дістав назву «Яготинська птахофабрика».
Яготинський бурякокомбінат в 1970 році мав 7404 га землі, в т. ч. 5986 га орної. Тут працювало 965 робітників і службовців. Основний напрямок його господарства — вирощування зернових культур та коренів маточних цукрових буряків на насіння. Розвинуто також м'ясо-молочне тваринництво. У 1969 році в радгоспі було 3210 голів великої рогатої худоби, 1910 свиней, 12 300 курей. На відгодівельному пункті використовували відходи цукрового виробництва — жом і мелясу. Майже всі трудомісткі роботи тут механізовано. Прибуток господарства у 1968 році становив близько 118,3 тис. карбованців.
Вже на початку 60-х років працівники Яготинського радгоспу досягнули високих виробничих показників. Так, у 1962 році на кожні 100 га сільськогосподарських угідь було вироблено по 359,5 цнт м'яса у забійній вазі, зібрано по 31 цнт зернових культур, у т. ч. озимої пшениці по 21,1 цнт, кукурудзи — 64,7 центнера.
Яготинську птахофабрику, як переможця у переджовтневому змаганні 1962 року, було занесено на обласну Дошку пошани. З 1966 року колектив птахофабрики був постійним учасником Виставки досягнень народного господарства СРСР. В 1968 році працівники фабрики виростили півтора мільйона качок, здали державі ЗО тис. цнт качиного м'яса.
За 60-ті роки значно зріс рівень механізації виробничих процесів. У 1970 році у господарстві було 108 автомашин, 88 тракторів, 27 комбайнів. Інкубатори, цехи обробки продукції, холодильні установки обладнано новітньою технікою. Чистий прибуток господарства за 1970 рік становив 1940 тис. карбованців. На птахофабриці працювала делегат XXIV з'їзду КПРС депутат Верховної Ради УРСР Герой Соціалістичної Праці Т. П. Пащенко. Вона очолювала бригаду, яка обслуговувала маточне поголів'я качок. 1971 року Т. П. Пащенко. і директора птахофабрики І. К. Степанченко нагороджено орденом Леніна, доярку Г. І. Битюк і головного зоотехніка Д. О. Кравченка — орденом Жовтневої Революції. В економіці Яготина провідне місце належить цукровому заводу ім. Ілліча та експериментальному заводу Всесоюзного науково-дослідного інституту цукрової промисловості. За роки семирічки завод ім. Ілліча значно реконструйовано обладнано новою апаратурою та устаткуванням. Багато трудомістких робіт механізовано і автоматизовано. Завдяки цьому потужність підприємства з року в рік зростала. В І961 році завод переробляв за добу 18—20 тис. цнт сировини, а в 1969 році — 21 цнт. 1969 року цукрозавод ім. Ілліча було підпорядковано Міністерству харчової промисловості СРСР, а Яготинський радгосп виділився в самостійне господарство — Яготинський бурякокомбінат. З вересня 1967 підприємство перейшло на нову систему планування та економічного стимулювання промислового виробництва. Цій події передувала велика робота комуністів, спрямована на підготовку колективу заводу до праці в нових умовах. Так, для інженерів і техніків створили економічну школу. Значно поліпшилася трудова дисципліна, зріс інтерес робітників до наслідків своєї праці. Завдяки цьому прибуток заводу у 1970 році становив 1645 тис. крб. Середньомісячна зарплата робітників зросла з 83,3 крб. у 1967 році до 100 крб. у 1969 році. За виконання планів виробництва 1969 року виплачено 123,4 тис. крб. премії. Колектив підприємства, що налічував 1215 чоло¬вік, виховав чимало передовиків праці. 3 з них відзначені урядовими нагородами. Слюсар П. Самокиша нагороджена орденом Леніна, а слюсар Л. А. Берегова - орденом Трудового Червоного Прапора.
Експериментальний цукровий завод став до ладу в 1965 році. Це єдине підприємство в країні, що служило базою для проведення дослідів з нової технології і методів організації виробництва, завод повністю механізовано. Весь комплекс робіт виконували 717 робітників і службовців. У 1970 році обидва цукрові підприємства Яготина злиті у Всесоюзне науково-виробниче об'єднання — «Цукор».
Яготинський маслозавод, збудований у 1956 році, один з найбільших в Україні. Ще на початку його потужності дозволяли за добу переробляти близько 100 тонн молока. Пізніше підприємство було реконструйовано і переведено на газ. З 1957 року у Яготині працює побутовий комбінат, а з 1960 року — хлібозавод. Ці підприємства також механізовано. За післявоєнні роки стало до ладу ряд промислових підприємств, зокрема автогосподарство (1950 року), районна друкарня (1952 року), «Міжколгоспбуд» (1957 року), районне об'єднання «Сільгосптехніки» (1964 року). У 1957 році на базі колишньої торфоартілі створено державне механізоване торфопідприємство. До 1970 року в Яготині працювали дві цегельні. У тому ж році почав діяти новозбудований цегельний завод потужністі 8—10 млн. штук цегли на рік. ДАЛІ